Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa wywodzi się od utworzonego w 1951 roku w Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie Wydziału Rybackiego. Od początku swego istnienia Wydział posiadał najlepszą w kraju kadrę naukową i program kształcenia z zakresu rybactwa i ochrony wód.
Do najbardziej znanych profesorów Wydziału Rybackiego należy zaliczyć: Stanisława Korwin-Sakowicza - pierwszego dziekana a zarazem dyrektora Instytutu Rybactwa Śródlądowego, Przemysława Olszewskiego - dziekana Oddziału Rybactwa Śródlądowego, twórcę Wydziału Ochrony Wód i Rybactwa Śródlądowego, Roberta Towarnickiego, Eugeniusza Grabdę, Franciszka Pliszkę, Stanisława Bernatowicza, Bolesława Dąbrowskiego, Józefa Mikulskiego, Waleriana Cięglewicza, Kazimierza Stegmana, Władysława Mańkowskiego, Józefa Popiela, Teofila Dąbrowskiego, Mariana Zięcika i wielu innych. W latach 1966-1968 katedry specjalizujące się w problematyce morskiej przeniesiono do Wyższej Szkoły Rolniczej w Szczecinie, gdzie utworzono Wydział Rybactwa Morskiego i Technologii Żywności. Z pozostałych w Olsztynie czterech katedr: Rybactwa, Limnologii, Ichtiologii oraz Ekonomiki Przedsiębiorstw Rybackich, powołano przy Wydziale Zootechnicznym Oddział Rybactwa Śródlądowego. Z inicjatywy profesora Olszewskiego i kadry naukowej, przy poparciu Ministerstwa Ochrony Środowiska i Zasobów Naturalnych, na bazie Oddziału i przeniesionej z Wydziału Zootechnicznego Katedry Zoologii, zarządzeniem Ministerstwa Oświaty i Szkolnictwa Wyższego z dnia 23 czerwca 1970 roku został powołany Wydział Ochrony Wód i Rybactwa Śródlądowego.
Pierwszym dziekanem nowego Wydziału został doc. dr hab. Tadeusz Wojno, później profesor zwyczajny, a także prorektor Uczelni. Następnie funkcje dziekanów pełnili profesorowie: Tadeusz Januszkiewicz, Zofia Różańska, Maria Brylińska, Konstanty Lossow (dwukrotnie), Andrzej Mamcarz, Janusz Guziur.
W latach 1970-1996 struktura organizacyjna Wydziału zmieniała się, dostosowując się do stale modernizowanego programu nauczania i profilu absolwenta. W roku 1992 r. Senat Akademii Rolniczo-Technicznej w Olsztynie powołał kierunek Ochrona środowiska, a Uchwałą z dnia 31 stycznia 1997 r. zmienił dotychczasową nazwę Wydziału (WOWiRŚ) na Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa, co odpowiada faktycznemu profilowi kształcenia i prowadzonych badań.
Dziekani nowego Wydziału to profesorowie: Janusz Guziur, Irena Wojnowska-Baryła (dwukrotnie), Mirosław Krzemieniewski i Krystyna Demska-Zakęś (od 2008 r.).
W roku akademickim 1997/1998 rozpoczęto kształcenie studentów na kierunkach ochrona środowiska oraz rybactwo w trybie zaocznych studiów inżynierskich, a w roku 1999/2000 - uzupełniających studiów magisterskich. Ponadto, Uchwałą Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego (nr 474/99) z 24 czerwca 1999 r. Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego w dyscyplinie rybactwo, a niespełna 3 miesiące później na Wydziale powołano studia doktoranckie z zakresu nauk rolniczych w dyscyplinie rybactwo (Zarządzenie Nr 1 Rektora UWM w Olsztynie z dnia 10.09.1999 r.).
Dalszy rozwój Wydziału wymagał zmian na kierunku Ochrona środowiska. Powstawanie podobnych kierunków na innych wydziałach i uczelniach wymagało wprowadzenia takich specjalności, które mogłyby być łatwo identyfikowane z Wydziałem Ochrony Środowiska i Rybactwa Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego. Senat Uniwersytetu uchwałą z dnia 21 listopada 1999 roku powołał na kierunku Ochrona środowiska specjalności: ochrona zasobów naturalnych i inżynieria ekologiczna, a 6 grudnia 2002 roku - specjalność: biotechnologia w ochronie środowiska.
W roku 2001 kierunek Ochrona środowiska uzyskał Certyfikat Jakości Kształcenia Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej (UKA), a w roku 2004 Państwowej Komisji Akredytacyjnej (PKA). Kierunek Rybactwo uzyskał Certyfikat Jakości Kształcenia UKA w 2003 roku, a w roku 2004 Certyfikat PKA. W 2002 r. Katedra Biotechnologii w Ochronie Środowiska uzyskała status Centrum Doskonałości, a 25 listopada 2002 r. Minister Nauki przyznał Dyplom dla Centrum Doskonałości Sustainable Environmental Management in Inland Catchments (SEMIC) Centre of Excellence.
W lutym 2005 roku zakończono budowę i wyposażenie Centrum Biotechnologii Środowiska; uroczyste otwarcie CBŚ nastąpiło 14 kwietnia 2005 r. W roku akademickim 2005/2006 na Wydziale wprowadzono boloński system kształcenia. W kolejnym roku rozpoczęto prace nad poszerzeniem oferty edukacyjnej. Do funkcjonujących na Wydziale kierunków Rybactwo i Ochrona środowiska, w roku akademickim 2008/2009 doszły nowe kierunki kształcenia: Inżynieria środowiska (specjalność: inżynieria komunalna) oraz makrokierunek Akwakultura i bezpieczeństwo żywności realizowany wspólnie z Wydziałem Medycyny Weterynaryjnej UWM w Olsztynie a w porozumieniu z Uniwersytetem Nauk Stosowanych w Offenburgu utworzono studia II stopnia (w języku angielskim) z zakresu inżynierii procesowej i biotechnologii środowiskowej.
W 2009 roku Państwowa Komisja Akredytacyjna wydała pozytywną ocenę jakości kształcenia na kierunkach Ochrona środowiska i Rybactwo. W tym też roku podjęto prace zmierzające do utworzenia studiów magisterskich na kierunku Inżynieria środowiska (specjalność zaopatrzenie w wodę, oczyszczanie ścieków i gospodarowanie odpadami) oraz studiów licencjackich na kierunku Turystyka i rekreacja w zakresie ścieżki bezspecjalnościowej. Rekrutacja na te studia zostanie przeprowadzona w 2011 r. Ponadto, w roku akademickim 2009/2010 po raz pierwszy przeprowadzono nabór i uruchomiono studia podyplomowe w zakresie „Ichtiologia i akwakultura". 10 grudnia 2010 roku Rada Wydziału podjęła uchwałę o utworzeniu kolejnych studiów podyplomowych: „Monitoring wód powierzchniowych według Ramowej Dyrektywy Wodnej" oraz „Gospodarowanie na obszarach chronionych".
Od 2009 r. Wydział uczestniczy w realizacji projektów z programu Rozwój Polski Wschodniej. Pierwszy projekt to rozbudowa, modernizacja i wyposażenie zespołu laboratoriów edukacyjno-badawczych technologii, jakości i bezpieczeństwa zdrowotnego żywności. Bezpośrednim celem projektu jest przygotowanie uczelni do aktywnego udziału w tworzeniu konkurencyjnej gospodarki. W ramach tego projektu w 2009 roku rozpoczęto budowę Centrum Akwakultury i Inżynierii Ekologicznej. Wartość inwestycji to 29.532.400 zł i niemal połowa środków przeznaczona zostanie na zakup aparatury badawczej, sprzętu i wyposażenia podstawowego. Drugi projekt to utworzenie Centrum nutri-bio-chemicznego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie, którego elementem jest zlokalizowane na naszym Wydziale Laboratorium Oceny Jakości Wód i Zasobów Hydrosfery. Na Wydział trafi nowoczesna aparatura i urządzenia o wartości 4.178.000 zł.
W 60-letniej historii Wydziału studia wyższe ukończyło ponad 5400 absolwentów na studiach stacjonarnych i niestacjonarnych ze stopniem magistra inżyniera lub inżyniera. Studia podyplomowe ukończyło na Wydziale około 180 osób. Stopień doktora w dziedzinie nauk rolniczych w dyscyplinie rybactwo uzyskało 181 osób, a doktora habilitowanego 12 osób. Wielu pracowników uzyskiwało tytuł naukowy profesora oraz stopnie naukowe doktora i doktora habilitowanego poza Wydziałem.